Giovanni, el líder del Equipo Rocket ha encontrado a Mewtwo en una zona remota de la región Johto. Por otro lado, Ash y sus amigos llegan al cañón Pureza pero debido a que no lograron conseguir el autobús a tiempo, ellos deciden quedarse en la casa de Luna Carson. Cullen Calix, un investigador de medicina acompañado de una chica llamada Domino que supuestamente trabaja para el Centro Pokémon, llegan a casa de Luna para pasar la noche, sin embargo por una intervención del Equipo Rocket, Pikachu es raptado por lo que Ash y los demás van detrás de ellos.
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