La historia comienza con Giratina, que se encuentra en el Mundo Inverso, el que está muy contaminado debido al reciente conflicto entre Dialga y Palkia y al ver que Dialga se detuvo a reposar en un lago, donde también se encuentra Shaymin, al momento en que Dialga estaba a punto de beber agua se abrió un portal hacia el Mundo Inverso, del cual salió Giratina, quien arrastró a Dialga y a Shaymin (sin saberlo) al Mundo Inverso, en donde Giratina empieza a atacar a Dialga y son vistos por un investigador Pokémon y su Shieldon, quienes vivían en el Mundo Inverso mientras investigaban ese mundo.
